不同品種的貓眼睛顏色都不同，常見的有黃色(從淺黃到深黃不一)、藍色、琥珀色、紫銅色、綠色、淺棕色等。這主要是由視網膜色素層的顏色決定的。
事實上，我們所看到的貓眼睛的顏色，正是透過透明的角膜看到的貓眼底視網膜上的顏色。而色素在視網膜與在皮膚毛囊內的沉積有一定相關性。因此貓眼睛的顏色與貓背毛的顏色之間有一定聯繫。比如花貓絕沒有藍眼睛，黑貓眼睛以綠色為多，而長毛白貓則以藍色居多。
另外，貓的眼睛顏色還是鑒定純種貓的重要依據之一。一些純種貓的眼睛顏色是固定的某種顏色，
人們在評價貓眼睛的顏色時，一般都認為清澈透明，顏色純深、有寶石感的為佳。
