馬來西亞巨龜的飼養比較困難，主要的原因在於其巨大的體型，很多人飼養馬來巨龜只能選擇在水池裡飼養，
一、馬來西亞巨龜的水質管理
馬來西亞巨龜長期生活在水中，水質的好壞直接影響龜的健康，池水透明度低於30釐米時，應及時換水並交替全池潑灑生石灰和漂白粉，以預防疾病的發生。春、秋季水位適中，夏、冬季水位加深，起到降溫和保溫作用。春、夏、秋季宜在餵食後換水，冬季宜在餵食前換水。
二、馬來西亞巨龜的冬季管理
當水溫22℃時，在餌料中拌入抗生素類藥物，增強其越冬期抗病力。水溫14℃時龜已冬眠，這時需對龜進行檢查，不健康的龜應加溫飼養，保持水溫22℃以上，採取相應治療措施並正常餵食。健康的龜進入冬眠後，每半月換水1次，
水溫保持在10℃以上。冬眠中，
