黃肚紅耳龜的存活率很低，因為這是一種非常容易生病的龜，通常是因為水質的關係，黃肚紅耳龜會發生腐皮等等，
一、白毛病水黴病、膚黴病
病原為水黴菌，多發生在水溫較高的水體內25~32℃。龜體受損如劃傷、水質惡化、水溫較高是誘發本病的外因。該病主要危害稚、幼龜，發病率可高達100%，但一般不會致死。病龜焦燥不安，厭食或拒食，龜體消瘦。
預防方法：降低養龜密度，水體定期消毒，每週潑灑1次PVP-I或神克隆菌；個體之間應隔開，以減少劃碰損傷。
治療：少量患病，塗抹克黴唑藥水於患部及其周圍，每日2次，連抹3天，抹後幹置。病龜較多時採用0.710~6硫酸銅和0.310~6硫酸亞鐵合劑全池潑灑或“龜體寶”20010~6藥浴2~3小時。
二、腐皮病
病原為嗜水氣單孢菌、溫和氣單胞菌及無色桿菌。
預防：水體定期消毒，儘量減少龜體損傷減低放養密度；操作輕准。
治療：0.2510~6~0.510~6濃度的頭孢拉丁潑灑全池。病龜量少時，可在患部先用碘酊消毒，清理病灶，再抹擦上消炎生肌膏。病龜嚴重時可肌注或腹腔注射頭孢拉丁，每千克龜20毫克，每日1次，連用3~4天。
