野生環境下的馬來果龜通常是植食性的，吃一些肉類食物的幾率不是特別大，但是人工飼養環境下，為了保證馬來果龜的健康，
人工飼喂的馬來果龜是雜食性的。人們曾經發現它們津津有味地進食蚯蚓、蝸牛、蛞蝓和蟋蟀。除了無脊椎動物以外，還應該供給它們大量品種豐富的沙拉，三天一次。沙拉應該由切細的羅曼生菜、羽衣甘藍、南瓜、胡蘿蔔、甜馬鈴薯、蘋果、香蕉、香瓜、草莓和梨，甚至是芒果和番木瓜，只要買得到——構成，並且選料不必過於精細。除了蚯蚓，香蕉和芒果也被證明，用於讓新來馬來果龜開食是非常有效的。等它們開始吃東西以後，建議加入一些較為高蛋白的食物，比如浸濕的商業龜糧，把它們拌入沙拉，以增加龜的營養攝入。
脫水、壓力以及特別大量的寄生蟲，都被證明是進口的馬來果龜健康問題的構成部分。
